Obě obce vznikly za vlády Přemyslovců s největší pravděpodobností v době, kdy se stal prvním českým králem Vratislav II ( v královské hodnosti Vratislav I). Tento král vládl přes třicet roků, v letech 1061-1092, a jako královské sídlo si zvolil Vyšehrad. Mezi jeho nejpřednější rádce patřil správce knížecího dvora jménem Zderad, za jehož potomky se považují Všebor a jeho syn Kojata, předkové panského rodu Hraběšiců, pozdějších pánu z Oseka. Tento rod a jeho potomci získali do svého držení a dědického vlastnictví rozsáhlá území po celém království.
Jeden z potomků z mocného rodu Hraběšiců jménem Všebor, o němž existují písemné záznamy z let 1188 - 1190, vlastnil nebo spoluvlastnil zemi okolo dnešního Šeberova a Chodova. Protože v době středověku si stavěli knížecí družiníci a později drobní šlechtici sídla - dvorce, které předcházely tvrzím, učinil tak s největší pravděpodobností i Všebor a postavil si v této lokalitě svůj dvorec. Podle historiků lze tedy vymezit i možnou dobu vzniku Šeberova právě do tohoto období. Název obce však zněl původně Všeborův dvorec, či Všeboruv dvůr, zkráceně pak Všeborov, z toho pak vznikl název Šeberov. První dochovaná písemná zmínka o tomto pojmenování je až z roku 1382.
Kolem roku 1188 přivedli již zmínění Všebor a jeho syn Kojata do Čech řád rytířů Strážců božího hrobu tzv. křižovníků. Stali se mecenáši tohoto řádu a pro řeholní dům - klášter křížovníků - uvolnili dokonce i málo využívaný dvorec na Zderazi. Ve 12. století se stalo přímo módou obdarovávat pozemky a poddaným lidem především kostely a kláštery nových církevních řeholí. Osady Chodov a Šeberov, které vlastnil Všebor, se tak o několik let později dostaly do majetku tohoto řádu a patřily mu nepřetržitě až do husitských bouří v 15. století.
Hrnčíře se vyvíjely na rozdíl od Šeberova poněkud odlišně. Osadu obýval tzv. služebný lid - hrnčíři, vyrábějící hrncovité nádoby, mísy, džbány a zásobnice zdobené typickou vlnovkou a dalšími jednoduchými vzory, jimiž bylo zásobováno široké okolí a odtud pramení i název této osady. Polosamostatné postavení původních starousedlíků tzv. heredes, což se překládá českým termínem dědici, bylo svým způsobem výjimečné. Tito lidé nebyli šlechtici, nemohli však odmítnout existenci feudálního pána, ale patřili k jakési přední vrstvě usedlíků a nebylo jim lehké např. ukládat poplatky apod. Osadu sice vlastnil svobodný muž - vladyka, jehož jméno se bohužel nedochovalo, musel však respektovat určitá privilegia obyvatelstva. Původní majitel zde vybudoval sídelní dvorec, z něhož vznikla po několika generacích opevněná tvrz .Někdy ve 13. století byl při tvrzi vybudován kostel sv. Prokopa, při němž přirozeně vznikla i farnost. Přes prostotu chrámové stavby šlo o významný počin, který stačil zajistit pro Hrnčíře v mnoha údobích další historie určité přednostní postavení.
Za povšimnutí stojí zjištění, že vesnické kostely v těchto raných dobách budovala především drobná světská šlechta a nikoliv církevní instituce. Existence raně gotických a románských kostelů ze 13. a počátků 14. století v našem okolí je doložena v Kunraticích, Hrnčířích, Průhonicích a Petrovicích. Naopak je patrná jejich absence v Roztylech - obci vyšehradské kapituly, ale také v Šeberově a Chodově.
Postavení osady Hrnčíř se změnilo po vzniku zbraslavského kláštera. Klášter založil v roce 1292 král Václav II. a v následujících letech se stali novými majiteli osady zbraslavští cisterciáci. Zbraslavský klášter měl od roku 1360 patronátní právo k hrnčířskému kostelu a podle tehdejších zvyklostí lze říci, že klášter byl už také i přímým držitelem vesnice.